ここではバイオインフォでWindows PCを使う(サーバーでもクラインアントでも)時に、
私がいつも整える環境を書き出してみます。
Bash環境を整える
Windows Subsystem for Linux (WSL) をインストール
WindowsのコンソールはそのままだとUnixコマンドが使えないし、バイオインフォ系のソフトはLinuxでしか動かないものが多いのでWSLを入れるととても快適です。他の方法もありますが、VS codeとの相性も良いので現状Bestだと思います。
インストール方法はネットに溢れているので割愛します。
参考:https://highreso.jp/edgehub/machinelearning/windowsubuntu.html
conda をインストール
バイオインフォ系のソフトの多くはcondaをつかってインストールできます。
condaは「パッケージ管理・環境管理システム」らしいですが、その実、私はいまいちわかっていません。ともかく解析で一番格闘するかもしれないソフトのインストールや環境作りが、とても楽になるのでよくわからなくても入れましょう。
ダウンロードページ(Download Now | Anaconda)にアクセスし、
[Anaconda Installers]>[Linux]の一番上の項目で右クリックし、リンクをコピー。
cd
wget [リンク貼り付け]
# 例) wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2024.10-1-Linux-x86_64.sh
bash [ダンロードしたshファイル]
# 例) bash Anaconda3-2024.10-1-Linux-x86_64.sh
# enterとかyesとか返す
exit
#一度出てもう一度立ち上げる
Bash
コメント