どこにエキソンがあってどこにイントロンがあって、という情報をつけるときには遺伝子予想、遺伝子アノテーション付けという作業をしていきます。
今はBraker3などを用いた方法が主流ですが、ここではAUGUSTUSをlocalで使った遺伝子予想の方法をまとめます。手数は多いですがその分ステップごとに戻ったり、パラメーターを変えた試行錯誤しやすいです。
参考：http://bioinf.uni-greifswald.de/bioinf/wiki/pmwiki.php?n=Augustus.Augustus
準備
ゲノムファイル（fasta file）の配列名をシンプルにする
配列名（>の部分）をできるだけシンプルで一意な名前にする。
記号はトラブルのもとになりがちで怖いから使わない！！
おすすめは>Homosp0001の形。名前の一括変更はseqkitをつかう。
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